Não me parece haver vantagens GERAIS da Nikon sobre a Canon.
São marcas equivalentes. É pura e exclusivamente escolha pessoal.
Eu, quando retomei meu hobby há uns dois anos, fiz uma pesquisa através de uma edição da revista Fotografe Melhor (dez/12) que havia feito uma coletânea de todas as câmeras por eles testadas ao longo daquele ano. Tinha modelos da Nikon, Canon, Sony, Pentax e mais algumas.
Originalmente pensava numa Sony Alpha qualquer coisa. Depois de ler tudo, optei pelos sistemas Nikon e Canon. A escolha Nikon foi apenas emocional, já que ambas dariam (como de fato dão) qualidade semelhante.
Hoje, passados quase 2 anos, eu faria uma observação que na época não tinha idéia. No Brasil há muito mais Canon que Nikon, não sei se por conta de preços melhores, melhor rede de distribuição, melhor assistência técnica,...enfim, não sei a razão, mas basta olhar nos classificados e você verá que deve haver 6 ou 7 anúncios de Canon para 3 ou 4 de Nikon. Pra mim isto não faria nenhuma diferença, mas é apenas mais um dado.