não conheço muito de Nikon, mas nas Canon que tem esse sistema de disparo, não dá pra disparar sem o pop-up. Justamente porque o pop-up que manda o sinal pro outro flash.
Mas existe uma configuração de sincronia que se configurar pra ser só o flash remoto que vai aparecer na foto, o pop-up dispara mas não interfere na imagem. Mas disparar ele sempre vai.