A causa raiz disso é problema no sistema de arquivos, provocado por desligamento forçado do computador - por falta de energia ou por causa de tratamento - que corrompeu o arquivo original. O backup simplesmente copiou o arquivo corrompido.
É importante verificar periódicamente a saúde dos discos (verificação de erros na aba ferramentas, abrindo as propriedades do disco para Windows, ou usando o Disk Utility para MacOS ou fsck no caso de Linux), principalmente após um desligamento forçado do computador.
Exato. Por isso é bom usar programas como o photorec que ignoram o sistema de arquivos. O que o programa faz na realidade é ler todas as células do cartão e essa informação é comparada com uma base de dados interna que a grosso modo diz como os arquivos são. Assim ele pode remontar os arquivos baseado nas células individuais, sem ter que usar a FAT. Funciona com JPG, e a maioria dos formatos de RAW. Já recuperei centenas de .CR2 e ontem recuperei 61 fotos de um cartão de uma CyberShot de um amigo.
Se mesmo o photorec não funcionar, existe o testdisk, que vem junto no mesmo pacote. Mas esse é mais para iniciados, na verdade é uma ferramenta para manipulação das tabelas de alocação de arquivos e embora poderosíssimo, seu uso não é indicado por quem não conhece profundamente estruturação de arquivos de dados.
E uma dica.. Muitas vezes vc coloca o cartão no Windows e não consegue mais "ejetar", ele sempre diz que a unidade está ocupada, mesmo que vc feche todos os programas. Foi assim que perdi meus RAW pela primeira vez e foi quando descobri o photorec, depois de tentar uma dúzia de outros programas. Depois de recuperar as fotos, fui atrás de solução para não acontecer de novo.
Caso o Windows não soltar o cartão, não desligue a máquina nem retire o cartão a força, sem desmontar. Faça log-off (não é reboot) do windows, logue novamente e assim que aparecer o ícone indicando que o cartão foi montado, peça para ejetar. Aí vc conseguirá e não terá problemas.