Também procurei no manual da Canon, e não diz nada a respeito, por isso, fico em dúvida quanto a ser correto trocar a lente com a câmera ligada ou não. Mas pelo visto a maioria faz a troca com ela ligada (independente da marca). Não sei se por falta de informação, fico com receio de efetuar a troca sem desligar, talvez por já ter adquirido este hábito ao longo do tempo, fica um pouco difícil mudar agora.
Mas pelo visto, o pessoal que não desliga a câmara, nunca teve problemas, e aliado ao fato do manual da Canon, não citar este procedimento, acredito não haver problemas, não acredito ser uma omissão do manual, e sim, se não está descrito lá, significa não ser necessário o desligamento.