Depende muito do tipo de objetiva. Falando de Canon, as objetivas que possibilitam o que a Canon chama de "FTM" (Full Time Manual Focus) permitem que se altere o foco mesmo com o AF ligado. Isso é algo que é bastante usado dependendo do tipo de foto que se faz. Por exemplo, vc está fotografando um pássaro que está entre folhas e ao focar em um primeiro momento a câmera foca as folhas e não o pássaro. Então vc manualmente ajusta o foco até o ponto desejado, sem ter que desligar o AF.
As lentes FTM normalmente são aquelas que são Ring-USM, como a 28-135 e as lentes L. Quase com certeza que a 17-85 e a 17-55 também sejam. As que são USM mas do tipo comum, como a 75-300 e 70-300 não são FTM. E para as lentes comuns de kit como 18-55, 55-250 e outras deve-se necessariamente desligar o AF para rodar o anel de foco. No caso de lentes em que o bloco frontal gira no momento do foco, deve-se desligar o AF também na hora de colocar ou tirar o parassol. Embora o risco de quebra do sistema de AF não seja tão grande assim, as engrenagens deste tipo de lente são plásticas e forçar demasiadamente o sistema de AF pode fazer aparecer folgas que tiram a precisão do foco.
Já as lentes STM são diferentes, até onde sei não existe conexão física, o autofoco é comandado eletricamente e acho que todas possibilitam FTM.