Vamos ver os pontos fortes de cada uma.
Nikon D3300:
1) tem qualidade de imagem melhor;
2) dois pontos de foco a mais;
3) maior resolução, com 24 MP (contra 18 da Canon);
4) menos ruído em ISO alto;
5) a bateria dura mais, com autonomia de 700 fotos (contra 380 da Canon);
6) tem uma taxa de disparo maior de 5 fps (contra 4 da Canon);
7) filma em 1080p e 60 fps (contra 1080p e 30 fps da Canon).
Canon SL1:
1) LCD de resolução maior, com 1.040k (contra 921K da Nikon);
2) LCD com função de toque;
3) possui controle total no modo vídeo, onde você controla abertura, obturador e ISO (a Nikon só permite controlar ISO e obturador);
4) o sistema híbrido de autofoco, que se usa apenas em Live View, é ligeiramente mais rápido, sendo mais indicado para filmar do que o presente na Nikon;
Também já li uma análise afirmando que a SL1 tem uma pegada melhor, mas isso é bem subjetivo.
Na minha opinião, a D3300 é uma melhor escolha.