Os modos semi ou totalmente automatizado foram criados para dar mais conforto e comodidade ao fotógrafo. Pra mim, funciona como câmbio automático de um carro: dirigir um carro automático não te faz pior motorista se você sabe como conduzir um carro de câmbio manual caso necessário. É a mesma coisa no caso da câmera.
Hoje em dia, muita gente acha que bom fotógrafo é o cara que domina totalmente toda a parafernália do equipamento e na boa, isso você consegue simplesmente lendo manuais. Tem gente que acha que se o cara não fotografa totalmente no modo manual, esse sujeito não sabe fotografar. Besteira, até mesmo por que não conheço um fotógrafo contemporâneo que fotografe com o autofoco deligado (salvo nos casos das lentes sem o recurso). Muito mais importante que os recursos técnicos, é a linguagem... É saber transmitir na imagem suas idéias de forma plástica e agradável aos olhos.
Se você sabe o que vai fazer em cada caso (A, S ou M), não vejo problema algum em usar qualquer um deles.