Olá amigo,
Em relação a ruído, acho até estranho esta informação, a Canon sempre foi melhor em ISO alto do que a Nikon.
Quanto à qualidade, isso vai depender muito do modelo e da lente utilizada, eu sinceramente não creio que haja tanta diferenteça entre Nikon e Canon, principalmente se falarmos em lentes L e sensores Top como da 5D, isso é muito relativo.
Eu gosto muito de Nikon mas só tenho Canon, é algo bem pessoal, você estará bem servido com qualquer uma delas. Se for iniciar com uma Canon, comece com uma 70D ou uma 6D se quiser gastar um pouco mais.
Abs,
Gustavo Morgado