Olá!
Bom, acho que o melhor os mais experientes falar para você, mas penso que o ideal seria cobrar o mesmo preço que você cobraria normalmente e fotografar algumas fotos com os filhos individuais e outras com eles juntos.
Você poderia oferecer um álbum com mais fotos. Tipo, Se para uma pessoa você oferece 12 fotos, como é para duas pessoas, você poderia oferecer 24 fotos.
Se fosse o meu caso, acho que eu ia oferecer uma quantidade pré-determinada de fotos (um pacote) e sugerir o ensaio com quatro etapas: Duas etapas com os filhos individuais, a terceira etapa com os dois juntos, e a última a mãe com os filhos. Nem que seja uma foto só com a família inteira.
É verdade que quanto mais gente na foto o desafio é maior, mas normalmente acho que um fotografo cobraria por foto, independente da quantidade de pessoas, ou então cobraria por hora trabalhada.
Bom, acho que é mais ou menos isso