Creio que ele crie um outro se o arquivo for apagado. Nunca tentei porque temo perder o que tenho...
Vi que uma das 6 alternativas dadas é fazer o logon com outro usuário. Se nunca abriu o LR com esse usuário, estará usando outro arquivo de catálogo e também das preferências citado como razão do problema.
Se ainda assim continua com problema, então é algo associado à própria aplicação.
Já tentou rodar o Disk Utility e verificar o utilitário detecta algum erro, em especial relacionado com os arquivos do LR?