Não tentei fazer fotos no automático!
Queres dizer que meu F (5.6) está muito aberto, por isso a foto está subexposta?
Mas essa subexposição só ocorre quando importo no LR!?
Abertura não tem a ver com exposição. Abertura como o nome diz é a abertura da lente. Exposição é a combinação de ISO + Tempo de Esposição + Abertura da lente.
Essa combinação tem que ser o suficiente para entra uma quantidade X de luz no sensor e deixá-lo com a exposição "ideal".
Se quiseres manter a lente aberta em F5.6, mexa nas outras variáveis para que entre mais luz, ou aumentando o tempo de exposição ou de preferência, aumentando o ISO pra 400 ou 800.
O ideal é manter ele no 100, mais quando não tem luz soficiente, sua lente não pode abrir mais (F5.6 é o limite da sua) e o tempo de exposição não pode ser aumentado pra não tremer, nesse caso se aumenta o ISO.
Posso parecer um pouco rude no que vou falar agora, mais é fato, você precisa ler mais sobre Exposição, abertura, tempo, sensibilidade (ISO).
Está boa de inglês? Baixe na Net o livro do Amsel Adams, o "The negative" e leia o capitulo sobre "zone sistem".
Mais procure antes algo mais básico na net.
Abraço