Aplicativo não sei, mas acho que é só na edição mesmo, fazer num editor de vídeo mesmo.
Fazendo a foto sempre na mesma posição, deixa uma margem pra recortar no PS depois, daí nesse recorte vc pode ir acertando os detalhes da posição.
Se quiser fazer com a câmera ligada no PC (O que acho desnecessário) vc pode abrir a imagem anterior e fazer o click através do LR ou Camera Control dependendo da sua câmera.