Tive um problema desses com meu Toshiba P105-S9337 que funcionava que "termicamente bem" com o SO original, que era o Vista, e quando fiz o downgrade para o XP a GPU NVIDIA batia 100 graus fácil e o bicho desarmava. No Linux não dava isso. Depois foi resolvido com uma atualização da BIOS, era um bug qualquer que impedia o ventilador da GPU de funcionar direito. Hoje está rodando com o Windows 10 sem problemas, fora o driver de vídeo ainda do Windows 7, mas está de boa.
Já verificou se o seu note tem 2 ventiladores e se os dois estão funcionando ou se não estão obstruídos por poeira ?
Nunca abri o meu laptop...
Mas acionando o comando do Fan, sente-se sair o ar quente... talvez fosse válido tentar abri-lo.
O Windows original dele era o Vista... e lembro-me que o problema da temperatura se agravou quando instalei o Windows 7 Ultimate, pois eu já não conseguia controlar o Fan utilizando as teclas específicas do teclado.
Na prática o que fiz para resolver o problema foi ir lá em Energia > Configurações Avançada, e diminui o desempenho do processador para 50%... ae ele fica próximo dos 1 ghtz... com temperatura nos 65c
Tenho o Ubuntu também e nele também esquenta bem, batendo 100C quando faço algo pesado.
Ele tem a placa de vídeo integrada da ATI Radeon Xpress 1250.
Recentemente instalei o Catalyst e diminui toda aceleração de vídeo para o mínimo para tentar baixar a temperatura, mas parece que não surtiu muito efeito.
Acho que talvez só voltando para o intragável Windows Vista... ou então... tentar o Windows 10.
Para dar uma "Vida Nova" para este lap top, cogitei colocar um SSD, mas não sei se batendo altas temperaturas, se pode danificar o SSD.