Estive pensando a mesma coisa. Eu iria de 6D tranquilo, com a diferença dá pra comprar uma ou duas belas lentes pra completar o conjunto. Seria um UP do equipamento como um todo, não só do corpo.
Quem já usa a 5D vai achar muito estranho a 6D, principalmente a falta do joystic pra selecionar os pontos de AF, e também na 6d aquele seletor do meio, no "select" na roda traseira.
Outra coisa que achei horrível na 6d é quando quero aproximar 100% na imagem feita pra ver o foco, na 5d basta clicar no botão da lupa e pronto. Na 6D tem que clicar na lupa e depois ir girando o dial principal, uma Bos...
Mais enfim, tirando isso, uma baita camera. Eu ainda ficaria com a 5d que você possui e investiria em lentes, não trocaria o corpo.