Nem poderia. Mesmo que a D5200 possuísse o modo Commander, o pop-up ainda seria necessário para transmitir os comandos para o SB-700.
Mas como ela não disponibiliza este modo, você precisa da luz do pop-up para disparar o SB-700 remotamente em modo escravo óptico. O que você pode fazer é configurar o pop-up para utilizar a menor potência disponível, para influenciar o mínimo possível na exposição da foto.
Me parece, também, que você precisa urgentemente ler os manuais, tanto da câmera quanto do flash