Depende do seu uso. Eu tive uma 5D Mk II, e quando ela morreu (literalmente) eu passei pra 6D pois precisava de outra fullframe e não podia comprar uma 5D Mk III. Hoje eu tenho tanto a 5D Mk III quanto a 6D, e existem pontos positivos na 6D em cima da 5D Mk III, quem dirá sobre a 5D Mk II
Mas assim, sinceramente, pela situação descrita, eu iria de 5D Mk II - principalmente pelo preço. A 6D tem vantagens, sim, assim como possui muitas desvantagens. A 6D, se você analisar friamente, estaria mais próxima da 60D/70D do que da 5D Mk II/MkIII, só que sendo fullframe. Até o modo de operação é mais próximo da 60D/70D.