Qual configuração está usando?
AF-S, AF-C, AF-A?
Prioridade de disparo ou de focagem?
Foco e disparo no botão do obturador?
Além do bip de focagem, atente para o indicador de foco (bolinha verde) no canto esquerdo do visor, pode ocorrer de após o foco você se mover e o foco se perder (vai aparecer uma seta no lugar da bolinha) ai dependendo do modo de focagem ela não vai disparar.