Realmente, são BEM diferentes.
A 5D "classica" é uma câmera para os aficionados , com um ISO limpíssimo, porém não alto, e é claro, não tem live view nem filma. O foco não é dos mais rápidos mas é muito preciso, nunca tive problema be back ou front focus com nenhuma lente da canon com ela.
A 5D Mk2 tem a "vantagem" de filmar (muito bem por sinal) e ter live view e tethering decente. A resolução é maior que a da clássica, mas isso nunca foi uma vantagem para mim.
Já a 6D é um meio termo entre as duas. Gostei dela. O sistema de foco é bom. Não é excepcional, mas é bom.
Mas nem a 6D nem a 5D Mk2 dão uma image tão limpinha quanto a classica em isos baixos.