No caso da telefonia móvel, as operadoras são obrigadas a fornecer para a justiça uma reação com datas, horários e duração das chamadas entre os aparelhos. Não existe gravação de voz das ligações, a não ser nos casos de escuta autorizada.
Como o whatsapp é um comunicador que faz algo parecido como o SMS, precisa entender como se enquadra perante às leis do país.
Tem operadora até incentivando o uso do whatsapp, ou seja, tem que ser enquadrado de alguma maneira nas leis, mas sinceramente não sei como isso se dá na pratica. Ora, se um juiz pode mandar parar tudo, é porque tem alguma coisa errada nesta relação.