Ine, não está fazendo errado não, começando por uma FF vais demorar um bom tempo para trocar de câmera! E esse é um ponto que muita gente erra... começa por uma crop mais simples e logo querem uma FF e gastam duas vezes.
Das duas em questão, como vc mesma falou, cada uma tem suas vantagens! Eu pessoalmente iria na 6D por alguns motivos:
Preços das lentes, são mais em conta.
Material usado, vc não precisa comprar tudo novo... quase todas as lentes que tenho, peguei usadas aqui no fórum. E Canon tem mais rotatividade.
E Nikon do Brasil fechou, faliu, não sei... só sei que não existe mais!
Quando saí das crops, fiquei na mesma dúvida que vc, ainda tinha uma Sony na história para complicar um pouco mais, fiquei na Canon pq já usava Canon, e não me arrependo.
Hoje quem sabe iria para o sistema mirrorless da Sony, que é top. mas bem mais caro tbm! uma A7r II dá para pegar uma 5Dmk4 e ainda sobra grana, além das lentes, flash serem mais caros tbm.
Outro "conselho", antes de investir em lentes... veja o que vais usar, para não comprar algo desnecessário. No começo e principalmente quando temos grana, investimos um monte e depois acaba ficando parado ou sendo pouco aproveitado. Independente de qual pegar, pegue junto a lente do kit e depois invista aos poucos, vendo sua necessidade.
Boa sorte na sua decisão e na fotografia.