Esse é problema de comprar sistemas operacionais Open Source. Eu prefiro Windows Phone por conta disso.
Muita gente confunde AOSP (Android Open Source Project) com Google Android.
AOSP se refere à interface com a tela, com modem, com os vários sensores do aparelho. Alguém pode rodar um telefone puramente com AOSP, mas isso é pouco mais que um dumbphone, uma vez que não nem mesmo uma loja de aplicativos AOSP.
O Google Android é o AOSP+serviços (localização, email, procura, loja de plicativos, sistema de pagamento, backup, etc.). O Google teria a opção de fazer um Android tão fechado quanto o da Amazon: os Kindle Fire, por exemplo rodam android, mas só podem usar aplicativos da loja da Amazon.
O Google poderia ter optado por fazer com seus serviços não rodassem se algum aplicativo fora da loja oficial estivesse instalado, mas não fez. Por exemplo, não permitindo que o usuário colocasse seu login e senha Google em um aparelho com uma ROM modificada. Nem dá pra dizer que isto é necessariamente ruim, porque eu mesmo já instalei várias personalizações interessantes por causa desta "colher de chá" que o Google dá. Mas, se facilita pro usuário avançado, também facilita pra alguém tentando levar vantagem.