Eu deixaria pra lá, a menos que seja algo que realmente atrapalhe a visão pelo viewfinder, o que eu acredito não ser o seu caso.
Fotografo profissionalmente diariamente com uma 5D3 e de vez em nunca limpo o meu viewfinder (que tb tem uns risquinhos). Como eu faço? Uma baforada e limpo com a camiseta, se eu estiver de muito bom humor até uso um paninho limpinho.
Nunca me atrapalhou em nada, recomendo esquecer esses detalhes ou eles vão te deixar neurótico com uma perfeição no equipamento que não vai te trazer benefício algum na qualidade das suas fotos, só atrapalhar.