Até onde eu sei, o ISO não tem que estar no automático para usar essa função, e mesmo se estivesse não tem o menor sentido a câmera desrespeitar a configuração para fazer a foto. O foco, por exemplo, se não for encontrado a foto não é feita. A câmera não ignora isso.
Mas é o ISO que justamente permite a câmera aplicar a velocidade mínima desejada.
Você coloca um limite de ISO nas configurações do modo "av" e deixa o ISO no automático. Após setar a abertura do diafragma, sua câmera vai tentar aplicar a velocidade mínima escolhida nas configurações do modo "av". Já o ISO funciona como uma compensação...
Um exemplo: em um local escuro, se você colocar sua câmera com velocidade mínima em 1/250, ISO EM 100 e abertura em f/9, jamais que sua câmera vai respeitar a velocidade mínima. O que ela faz nesse momento é reduzir a velocidade mínima para efetuar o disparo.
Você tem que setar o ISO máximo aceitado, sabendo que se necessário, sua câmera vai usar o ISO máximo e também reduzir a velocidade do obturador.
A câmera pode sim ignorar a ausência de foco, pelo menos em modelos mais avançados você pode tirar a foto mesmo que o foco não esteja correto. Pelo o que eu sei isso é bastante usado em foto jornalismo, onde o foco não é tão importante quanto o assunto a ser fotografado...