Opa fala cara td bem?
Acho difícil conseguir arrumar esse esse problema ai, com certeza foi por ter deixado no modo automático, se for uma time lapse curta, de uns 30 min mais ou menos, as vezes prefiro gravar em video mesmo e depois acelerar, evita esse problema. Talvez corrigindo frame a frame no photoshop resolve, mas talvez não compense o trabalho.