Investigue e tente descobrir quem está gerando esse I/O exagerado:
1. Tecle Ctrl+Shift+Esc para abrir o Gerenciador de Tarefas
2. Clique na aba "Performance" e depois em "Open Resource Monitor":
3. Se não me engano, em uma tabela com o título "Disk Activity" você poderá ler o nome dos processos e o quanto eles estão gerando de leitura/escrita no disco. Aí é só pesquisar sobre ele.
Geralmente recomendam deixar o Windows Update em "Manual" e desabilitar o Serviço BITS (Background Intelligent Transfer Service) - pelo painel de controle.