Não creio que vá haver uma real diferença entre elas...na prática o resultado será o mesmo.
Se eu fosse começar do zero, pegaria uma Nikon pq tenho curiosidade...mas só.
As lentes da Nikon realmente custam um pouco mais que a Canon, tem maior qualidade, sim, mas passa despercebido aos olhos de muitos, só nós (não faço isso) fotógrafos é que procuramos diferenças.
É uma questão de vc pegar ambas na mão e ver qual pegada e melhor e ser feliz.