Também me fiz esta pergunta. Já li que lentes manuais possuem um giro maior no anel de foco, possibilitando um foco mais preciso (e seria uma boa opção para um fazer stack assim variando o foco em passos curtos). Mas este não é o caso. Ele usa uma lente que provavelmente não tem esse giro todo, e mesmo com o giro este feito já é impressionante.
Outra coisa que também gostaria de perguntar é se este programa agrupa as imagens automaticamente ou se tem que selecionar a região mais focada em cada uma delas.
O Combine ZP faz o empilhamento tanto do maior foco, para o menor foco, quanto por partes, nesse caso eu faço uma sequência de imagens do menor para o maior.
Faço todo o processo de forma manual, usando o anel de foco, é um processo lento no qual a paciência é o que demais é necessário para um bom resultado.