O único que faz realmente diferença é usando tubos e lentes nativas MFT. Você mantém toda a funcionalidade do sistema.
Tenha em vista que em macro, os modos usados são sempre o Manual ou o Prioridade de Abertura, os outros são irreleventes por não garantirem o controle da profundidade de campo facilmente (pode usar o program shift ou uma velocidade mais lenta para controlar a aberture indiretamente, mas isso é pouco prático).
Usar tubos MFT + adaptador OM + lente OM dá exatamente na mesma de adaptador + tubo OM + lente OM. Ou seja, funcionará em modo manual e prioridade de abertura, obviamente com foco manual, que é o mais adequado para macro, que me perdoe quem fizer macro com AF...
Se dinheiro não fosse o problema eu optaria pelos tubos MFT AF + adaptador e decidiria de acordo com a situação se usaria uma lente MFT ou OM.
Se for problema, adaptador MFT-OM, tubos OM e lente OM. Nesse setup tem a vantagem de poder usar os tubos e as lentes com cameras OM de filme, se você ainda usa.
Eu não compraria tubos MFT que não fossem AF, pois são pouco úteis com as lentes do sistema.
A escolha depende do que você quer priorizar.