LEandro a D40 é praticamente a D50 em eletrônica, então todos os fatores você pode levar em consideração, legal você estar fazendo uma matriz de decisão, eu gosto muito da matriz QFD para ajudar na escolha, mas ela é mais complicadinha, mas gostei de ver, bem legal a atitude.
Motor de foco no corpo a XTi não tem, a D40 tem suporte tanto para AF-S (motor na lente) como no corpo, acho que isso é uma vantagem, possibilita tanto o uso de lentes AF antigas como novas, além de ter maior facilidade de compatibilidade com as lentes de terceiros.
O sistema antipoeira no sensor feito pela Canon é Fake, é só software, eu daria empate nesse caso porque o corpo da Nikon é melhor selado.
Acuracidade nas cores (JPG) tem uma questão, se você estiver tratando do Auto W/B ai sim a Canon é superior, agora para W/B feito manualmente a precisão de Cores da Nikon é bem maior, ai vc precisa definir na sua matriz exatamente o que é para dar a pontuação, no RAW a da Nikon tbm é melhor.
A latitude em RAW da Nikon tbm é superior (conforme vc tinha notado no primeiro quadro), só não é muito bem aproveitada no processamento.
Sei que é pessoal, mas qualidade da lente do Kit não deveria ter um peso tão grande em uma SLR, mesmo porque mesmo a da Nikon sendo melhor não é nada tão absurdo assim. :/
Não sei se é necessário para vc, mas velocidade de AF é um ponto forte da Canon.
Opz, só agora vi que você já tinha comprado. De qq forma fica ai para o pessoal que quiser.