Só é bom não confundir o Time Machine (software) com o Time Capsule (Hardware).
Time Machine é um backup incremental rotativo disparado a cada 60 min, e a princípio faz bakcup de tudo, salvo o que for especificado para não ir.
Por tudo, digo o próprio SO, os aplicativos, e-mail, pasta documentos e scripts mas material de trabalho nunca são copiados, eu faço isso através de um script externo com o rsync, mas é uma situação muito específica, envolve dados no HD interno, em um Raid externo e em mais duas unidades NAS, sem contar unidades remotas por rede.
A Time Capsule é um equipamento que combina um roteador com cabo e wifi, um NAS, e um servidor de impressão, tem um HD interno e pode ter HDs USB externos conectados à ela.
O Time Machine é incrivelmente prático, posso recuperar qualquer coisa que foi salva em qualquer data com uma facilidade absurda, tipo apaguei uma pasta que estava nos meus documentos 3 meses atrás. Em menos de 5 min está recuperada. A interface é espetacular.
Isso foi implementado no OSX Leopard em 2007.