Eu não tenho certeza, mas, em Android, o aplicativo nativo grava apenas com o microfone interno. Por isso a necessidade de um aplicativo (como o Open Camera, por exemplo) que permite selecionar outras fontes de áudio.
Sobre ser melhor ou pior que o microfone interno.
tem de ver o caso.
Os testes que fiz com meu celular usando o microfone interno em local com vento captou muito mais o ruído do vento do que do assunto que eu queria gravar.
Tem de analisar como será a gravação. Se é apenas entrevista, se tem tomada aberta, se o som do ambiente é importante, etc, etc etc.
Microfone tipo shotgun (mesmo sendo direcional) "pode" captar mais ruído do ambiente em relação ao um microfone de lapela. O posicionamento do microfone shotgun também é importante. Por se direcional muitos posicionam o mesmo razoavelmente longe da fonte de áudio e com isso acaba gravando a fonte de áudio mais o ruído do ambiente. Dependendo do ambiente 2 metros pode ser considerado longe.
Ai eu volto no: sobre ser melhor ou pior que o microfone interno.
tem de ver o caso.
Por exemplo: gravando vídeo p/ stories/live no Instagram com celular. Dependendo do nível de ruído do ambiente e a distância que o celular (microfone interno) fica de quem está falando pode ser que a diferença da qualidade do áudio seja mínima em relação ao um microfone externo.
O microfone externo pode até conseguir captar muita mais nuances em baixas e altas frequências porém a caixa de som que está sendo usada para analisar o áudio é simples (exemplo: alto falante de notebook ou celular) e não é capaz de mostrar as diferenças entre o microfone externo o e interno.
* eu sei que forcei um pouco a barra nessa caso, mas é possível. As vezes simplesmente colocar um fone de ouvido para escutar o que foi gravado é possível perceber mais detalhes do que na caixa de som de um notebook.
Não sou especialista em áudio,
, logo não consigo responder de forma definitiva a sua pergunta. O que apresentei acima são meus "palpites" em relação ao meu limitado conhecimento de áudio.