Na verdade a SL2 é melhor que a SL3.
Não é só questão de custo/benefício.
SL3 foi um dos piores lançamentos da Canon.
Conseguiram lançar uma câmera pior que a anterior.
Além do detalhe do flash que já citaram, a SL3 também não tem vídeo a 24fps com Dual Pixel, o que é mandatório pra quem pretende trabalhar com vídeos.
Então a SL3 é uma câmera capada em termos de flashes pra fotografia e capada para vídeos por não ter uma das configurações mais usadas nesse meio.
Fizeram a mesma coisa com a M200 também. A M100 é uma opção melhor.
Tenho a M100, uma delícia de usar. Para hobby. Não recomendaria para uso profissional, a não ser para uso com luz natural, sem necessidade de ter comandos à mão e de rápido acesso. É frágil, pequena, fácil de carregar, com imagem muito boa (mesmo sensor da 80D).
Acho que pode considerar também, ao comprar algo, o futuro do sistema que você vai adotar. Se é algo que você estima que seja para um bom tempo, eu não compraria câmera do sistema M da Canon (M100, M200, M50 foram as citadas já no tópico). A expectativa é que este mount seja descontinuado pela Canon. E se já é difícil achar lente para ele, imagine depois disso?
Considerando um investimento num sistema que você vai usar por um tempo maior eu pensaria na Fuji ou Sony (crop) ou Sony/Canon/Nikon FF mirrorless. Mas aí o custo já pode ficar impeditivo, dependendo do orçamento.