Leandro a Canon usa uma matriz de bayer convencional mesmo. Ruído não é o principal problema dos CMOS e sim os níveis e a qualidade da curva de saturação, que proporcionam transições de cores ruins, principalmente fora do ponto ideal de exposição. O ruído do CMOS normalmente é diferente do ruído do CCD, não é que haja menos ruído é que ele é diferente, normalmente os ruídos do CCD tem uma amplitude maior e uma freqüência menor, enquanto os CMOS costumam ter uma amplitude menor e uma freqüência maior, repare que as Canon tem muito mais ruído que as Nikon (se você contar numericamente) mas elas tem um ruído muito mais fino do que o encontrado nas Nikon por exemplo.
A vantagem disso é que o processo para limpar por software é mais simples, mas a desvantagem é que esse tipo de ruído normalmente leva junto as texturas (dai os bonecos de cera da Canon), o ruído mais grosso também tem desvantagens, ele favorece os "ruídos de borda", que normalmente também são meio feios...
Tentei usar um linguajar simplificado. Espero que tenha dado para entender o espírito da coisa.