nossa, essa pergunta é equivalente ao ser ou não ser shakesperiano. ambas são muito boas, parece que há uma consenso sobre a d50 ser uma das melhores câmeras que a nikon lançou nos últimos tempos.
Na minha opnião, você deve ir à loja e experimentar ambas. eu por exemplo, já tive nikon e canon. Infelizmente não me adaptei à segunda. Não gostava do design dela ou da posição dos botões, por isso optei pela nikon. Mas, repito, foi uma decisão puramente pessoal e sobre a estética do equipamento.
Agora só para apimentar mais a coisa, dá uma olhada na Pentax K10d, parece ser uma ótima opção tb