Lipe,
O sensor da Nikon D40 tem uma área de aproximadamente 03 vezes maior que a área do sensor da Fuji, como a quantidade de pixel é praticamente a mesma entre as duas CAMs (6Mp) cada pixel da Nikon é três vezes maior que o pixel da Fuji, proporcionando melhor captura de luz, assim vamos ter com o sensor Nikon um melhor desempenho, como menos ruído, melhor saturação, maior latitude, etc.
Porém o sensor da Fuji é o Super CCD com pixel em formato de hexagono, proporcionando algo em torno 40% maior capacidade de retenção de luz do que um CCD tradicional (não tenho muita certeza deste valor).
Eu na verdade abri este tópico para entender se as diferenças que notamos nas imagens das duas CAMs são diferenças na latitude, proporcionada pelas diferenças dos sensores ou é opção na edição dos JPGs de cada fabricante.
Obrigado