Puxa, Leo, eu já acredito no contrário.
Com foco manual fixado em uma posição, pode-se até usar uma fita crepe para ter certeza, nada poderá alterar o foco. Já no automático, se uma nuvem passar sobre a parte da cena focada apenas (diminuindo seu contraste) e o computador, baseado no contraste do fundo, achar que o certo é focar no fundo, como ficamos?
Fora que, em foco manual é possível usar a distância hiperfocal para se ter o máximo de profundidade de campo com a maior abertura possível, evitando-se, assim, cair na difração. É possível até que as câmeras modernas tenham programação para distância hiperfocal, mas desconheço.
Bom, cada um tem lá suas crenças baseado na sua experiência pessoal. Eu creio que o foco automático é um fator que, eventualmente, pode vir a influenciar o resultado final. E, como você mesmo mencionou - isolar as variáveis: "você precisa saber exatamente tudo o que pode afetar cada uma das variáveis e ter a sensibilidade para saber se não existe algo que você não saiba afetando também" -, eu o deixaria desligado neste caso.
Abraços,
José Azevedo