Oi,
fique à vontade pra fazer como preferir. Mas se a sua idéia é evitar sujeira, cada vez que você tira a tampa e coloca a lente, tira a lente e coloca a tampa, possibilita a entrada de poeira e sujeira no sensor.
Não quanto a Canon, mas na Nikon existe uma preta que tem o encaixe por baioneta, igual ao das lentes, e veda de forma igual. Existe uma outra, meio translúcida, que é de encaixe por pressão, não por baioneta e, portanto, é menos eficaz.
Abraço,
José Azevedo