Se com flash as fotos ficaram escuras, provavelmente o flash não teve potencia o suficiente. Existem duas opções:
1- comprar um flash externo, mais potente
2- usar um ISO mais alto.
O alcance do flash "built-in", normalmente é de "guide number 12". Isso significa que, utilizando uma abertura de f/3.5, você tem um alcance de 12/3.5 = 3,5 metros, utilizando ISO100.
Utilizando ISO200, esse fator aumenta em 1.4x. Utilizando ISO400, em 2x (1.4x1.4), e assim segue. Veja no exif de suas fotos que abertura você estava utilizando e veja qual potência você precisaria utilizar. Se você conseguir aumentar a potencia auemntando o ISO (utilizando ISO400, ou 800 se disponível em sua câmera), provavelmente seu flash interno aguentaria o tranco...
Espero que não tenha ficado muito técnico!
Abraços!