Então...
O que ocorre é o seguinte, você tem uma resolução efetiva, só que essa resolução é distribuída em uma matriz de bayer, onde cada 4 pontos desta resolução vai produzir um 1 ponto novo, esse demosaico faz com que pontos vizinhos na imagem final acabem tendo, em parte, a mesma informação, então os MP indicados formam na verdade uma imagem com menos detalhamento. Além disso ainda temos o ruído (que é perda), quando fazemos um crop tiramos parte da informação da cena, que ao redimencionar podem fazer falta na imagem com crop, fazendo com que ela pareça pior, o que é verdade, porque a redução se baseou em um arquivo com menos informação do que o original.