Sim, tente pegar RAW das duas para trabalhar em cima, é mais fácil de conseguir avaliar o desempenho do sensor visualmente a partir do RAW, pois ele não tem tanto fatores corretivos aplicados, se bem que eu percebi visualmente no JPG no lançamento da 1D Mark III que havia tido uma evolução significativa (até comentei na época), mas só pude confirmar depois de testar no RAW da 40D.
O FFT é um sensor interessante, principalmente pelo potencial futuro, é o sensor com o maior aproveitamento de área dentre todos os sensores disponíveis no mercado, mas que ainda tem os mesmos pecados dos CMOS antigos (que é a questão de a curva de saturação não ser muito boa e a resposta ainda não apresentar transições completas para 14 bits), nesse ponto nem a Sony e nem a Pana/Kodak conseguiram ainda chegar no ponto onde a Canon já chegou, estão perto, atualmente eles já cobrem bem os 12 bits e o Sony tem uma curva mais expandida já bastante boa (apesar de ainda ser um pouco inferior ao do CCD e ao da Canon), mas ainda tem um trabalhinho a ser feito neste quesito para estes sensores. O ruído do FFT nem é tão alto assim, temos que lembrar que das versões dele são menores que as dos concorrentes, se você levar isso em conta o ruído dele é até menor do que um APS de outras fabricantes...
Temos que lembrar que quase todo o tratamento dos sensores FFT é desenvolvido pela Oly, eu particularmente adoro o tratamento de imagem das Oly, acho que é um dos mais bem feitos se não o mais bem feito...