Porque há várias formas de se conseguir os ISOs equivalentes. Umas por hardware, outras por software.
Quando é por hardware, como é mais comum, acontece uma amplificação do sinal gerado pelo sensor, e depois esse sinal amplificado é digitalizado.
Quando é por software, pode haver a digitalização com a multiplicação posterior e gravado o RAW ou então diretamente para o JPEG (por exemplo, a Fuji s7000 não tinha RAW ISO 800, mas tinha JPEG ISO 800)
Acontece que o primeiro método é melhor, conduz a resultados mais limpos.
Então o RAW é uma digitalização de um sinal que foi amplificado, e essa amplificação é que é a variação de ISO.
Já no ISO Extendido (por exemplo 3200 na 20D), a amplificação vai até 1600, depois disso é feita uma multiplicação digital (matemática) e gravado o RAW.
E no caso da s7000, feita a amplificação já sobre o RAW.