Chris,
COm relação aos 6 mega pixels da D40 acho que eles são suficientes, mas se você precisar fazer um crop pode ser que você sinta falta de mais mega pixels, mas no geral são suficientes, basta lembrar das boas D50, D70 e D70S.
A respeito do tipo de lente a ser usado, toda linha de entrada das SLR Nikon, D40, D40x e D60 não tem motor de foco na camera, isso quer dizer que se você quizer ter foco automatico tem que usar lentes AF-S, as lentes AF até que irão servir mas somente no foco manual.
Espero ter ajudado,
Abraços.....