Alquém pode me explicar qual a diferença entre f2.8 e 3.5 ?
É a abertura da lente, quanto menor o número, maior a abertura. Explicar o que é isso e como afetará sua fotografia é muito complicado, pois é algo muito dinâmico que envolve diversos fatores como nitidez, profundidade de campo, exposição, luminosidade, distância focal, tamanho da mídia, bokeh, etc.
Acho que você não conseguiria uma resposta adequada em um único post, tente ler um pouco a respeito na internet ou aqui no fórum mesmo, e buscar exemplos em fotos que sempre ajudam
Quanto à Canon 100mm 2.8 Macro, ela é uma excelente objetiva em todos os quesitos, e tem um preço muito acessível, até mesmo se comparado às concorrentes "third-party", que normalmente são mais baratas (essa Canon é um pouco mais cara, mas não muito, tipo diferença de 30 dólares).