Para a maior parte das lentes de hoje em dia, o motor de foco não faz falta. Para muitos modelos de lentes entretanto, só cam como a D90/D80/D300 entre outras conseguem fazer o AF.
A D90 é como a D5000, porém com 2 dials, top LCD, maior e mais pesada além do princilal: motor de AF. De resto é tudo praticamente igual. Sendo uma das principais características das duas é conseguir usar o ultra-rápido ISO 3200 sem questionar se a imagem sairá com ruido (para impressões até 20X30cm).
É uma ótima máquina, mas para o que você quer não há necessidade de aumento na máquina, mas apenas uma ou duas lentes a mais. Recomendo a 70-300 VR por tudo que eu já li. A cavalo-de-batalha 18-250 servirá para seus fins mas não terá VR - chamada VC pela Tamron.
Gastar mais por uma câmera (D90) que lhe proporcionará funcionalidades que você não usará não faz muito sentido...
Aliás, sou um recém-profissional. Iniciei há pouco tempo, mas a fotografia ainda não é meu ganha-pão principal.