Primeiro que eles modificam o tom da luz para a cor do próprio difusor. Como a câmera conversa com o flash e reconhece o tom padrão do flash então o desvio não é compensado pelo balanço de branco.
No caso os flashs Canon são azulados (6000K) quando você usa o difusor o tom cai para cerca de 5400K. O WB compensa para vermelho para tirar os 6000K e com isso deixa os tons mais magentas. Na Nikon é o inverso, o tom base do flash é 5200K, quando é elevado para 5400K e o WB adiciona azul o tom da imagem acaba azulado. Na Sony o tom do flash é branco mesmo, por isso que ocorre menos desvio.
Eles também reduzem os contrastes o que muda a impressão que temos de certas cores, deixando evidentes os pequenos desvios tonais.
Tente bater branco para usar o flash com o difusor.