Gosto da D5000. Pelo que li, ela tem melhor qualidade em alto ISO (acima de 1600), trazendo impressões de até 20X30 com boa qualidade até ISO 3200 (apesar da imagem no monitor com ampliação 100% ficar com razoável ruído).
12MP são mais que suficientes para 100% do meu uso (com apenas 6MP eu abrangeria 98% deste uso, que são ampliações 20X30).
Pelo que li a bateria dela também dura mais que da Canon, mas não posso confirmar esta informação e não lembro a fonte. Tiro em torno de 1.000 disparos com uma carga da bateria original que vem com a câmera e entre 800 e 900 com a genérica.
Sou tendencioso na minha opinião pois gosto da marca. Sempre admirei as F2, F4, F5...
Sempre gostei da ótica das lentes antigas, apesar da lente do kit ser bastante simples a ótica é razoável.
Com a D5000 você não focará pela máquina as lentes antigas (diferente das lentes Canon), pois não tem motor de foco como na D90, D70, D50, D80, D200, D300 entre tantas outras. A D5000, D40, D40x, D60 só foca lentes com motor interno. Nas lentes antigas que não tem motor na lente é necessário foco manual (que tem até um auxílio de software para isso, mas é um pouco demorado para fotojornalismo e cobertura de eventos - aniversários, festas, casamentos).
EU fui de D5000.
Uma dica é você ter flash externo. O TTL é extremamente útil. Combine a marca da câmera e do flash. Se o SB600 ou EX430 inviabilizará a compra, pense numa máquina mais simples, mas não abra mão do flash (exceto se for apenas para fotos outdoor com muita luz, ainda assim com a perda da possibilidade de uso do flash de preenchimento).