como assim desapareceram ? vc olhou pasta por pasta e nao tem nada ? a canon costuma a cada "ligar" da maquina ou X fotos criar uma nova pasta...
verifica isso direito, e de preferencia poe o cartao de memoria num leitor qualquer so pra ter certeza ao inves de ler pela camera.
segundo e MAIS IMPORTANTE, haja o que houver NAO GRAVE NADA nesse cartao, assumindo que suas fotos sumiram vc vai precisar de algum software que restaure arquivos apagados... quando vc apaga uma foto do cartao, ela continua la... ate que vc grave algo por cima.
infelizmente nao sei de nenhum programa que recupere arquivos apagados, mas com certeza alguem que sabe vai postar aqui
boa sorte