Eu estou passando por isso agora, e em situação semelhante a sua, Leo: mudança (ou ampliação) da área de atuação, que acarreta novas necessidades/prioridades.
Também tem outra coisa que complica um pouco: o avanço na tecnologia, que alterou alguns parâmetros que eu tinha há uns dois anos atrás. No meu caso, a prioridade quando comecei a trabalhar era fotografia de espetáculos, onde qualidade de iso alto é fundamental. Na época, o sistema canon levava muita vantagem sobre o sistema nikon. Tendo como prioridades velocidade de AF e iso alto, não tinha nem que pensar muito, era canon na cabeça, e com o tempo formei um ótimo conjunto para espetáculos (40D, 30D, 11-16 f/2.8 tokina, 24-70 f/2.8L, 135 f/2L e 50mm f/1.8).
Porém a nikon avaçou bastante no quesito ruído, basta ver a diferença entre D200 e D300. Hoje já não levo a qualidade de iso alto em conta, pois as duas estão muito próximas na prática (nem comparo mais). A diferença passa a ser APS ou FF, em qualquer dos dois sistemas.
A velocidade do AF também já não é tão relevante no meu uso atual quanto a sua precisão. E, pra fechar, agora uso muito flash (coisa que nem tinha antigamente), o que já é um universo à parte...
Ah, e para esclarecer: falo só de canon e nikon porque me facilitam no dia-a-dia, pois trabalho muito em equipe, então os sistemas mais populares acabem facilitando na hora que precisamos de algo emprestado, trocado, etc.