Alexandre suas exposições, ou conversões estão diferentes (significativamente diferentes), não dá para comparar.
Ivan depende da câmera o ajuste afeta sim. Não sei a câmera do Alexandre (porque não sei que câmera ele tem), que pode ser um modelo mais antigo, onde o setup de tratamento de ruído não afeta o RAW, pois o RAW SEMPRE recebe este tratamento (desde a Canon 10D que todas as Canon recebem tratamento de ruído no RAW, desde a Nikon D200 que as Nikon recebem tratamento no RAW e desde a A700 que as Sony recebem tratamento no RAW). Mas muitas das câmeras fabricadas nos últimos dois anos possibilitam ativar, desativar ou modificar o tratamento de ruído no RAW, no mesmo ajuste do JPG, a A700, por exemplo, aplica os 4 níveis de tratamento no RAW, sem distinção.
Outra coisa, você disse que é usada uma imagem negra (cortina fechada) como base para o tratamento do ruído. Eu tenho procurado bastante informações sobre isso e até o momento não encontrei nada a este respeito. Também estou tentando encontrar o sentido lógico disso, porque isso faria sentido caso o ruído fosse sempre o mesmo a cada foto, mas tirando os pixels mortos (que realmente são mapeados desta forma, mas costuma ser mapeado apenas quando a câmera é ligada) o ruído varia de posição a cada registro, ele tem um aspécto randômico, o uso de uma imagem vazia não só
não eliminaria o ruído corretamente, como eliminaria detalhes da imagem. Inclusive é este aspécto randômico do ruído que permite que a fusão de duas imagens possa produzir uma imagem mais limpa e com mais detalhes. O exemplo abaixo ilustra isso (a da esquerda são 3 fotos da S5is):
Fiquei curioso para entender o sentido do dark frame e pegar algumas fontes sobre isso para entender o processo.