Fabio, se vc estiver usando o flash em M, Tv ou Av o flash não funciona dessa forma, que é uma características das compactas.
A grosso modo é o seguinte..
Quando vc muda estes modo que eu citei, a camera continua fazendo normalmente a medição da luz ambiente, como se o flash não estivesse sendo utilizado. Esta medição fica armazenada ma memória da cam. Quando vc faz o clique, o flash dispara o pré-flash, avalia o retorno da luz, compara com os valores previamente armazenados e instrui o flash a fazer um disparo para que o objeto em foco seja corretamente iluminado com uma luz de preenchimento.
Obviamente, caso a luz ambiente seja muito fraca e vc estiver usando Av, acaba acontecendo o que vc falou, vai ter que abrir a lente e subir o ISO senão vai sair alguma coisa borrada.
Neste caso, o ideal é usar modo M. Coloque a camera em M, use um tempo variando entre o mínimo para não borrar, digamos 1/30 e 1/200 que é a velocidade de sincronismo, dependendo do quanto vc quer de luz ambiente na cena. Também use a abertura para controlar a quantidade de luz ambiente
e a profundidade de campo. Não se preocupe com o guia de exposição, apenas se assegure que ele está com valores menores que 0. Neste caso, quando fizer o clique o ttl irá medir a luz necessária pra deixar o objeto em foco corretamente exposto e suas escolhas de tempo e abertura irão determinar profundidade de campo e a quantidade de luz ambiente que será aproveitada. Claro que o ISO também é determinante nisso.
Lembre que colocar a camera em M não significa que o flash também ficará manual, o TTL do flash continuará funcionando corretamente. Em algumas compactas, como na Canon S5, isso não é verdade, colocando-se a camera em manual, o flash automaticamente passa a manual também.
Isso é uma explicação bem básica. Abaixo coloco dois links para artigos que embora um pouco extensos são muito interessantes e eu diria até obrigatórios para entender corretamente como funciona o sistema E-TTL II da canon nas EOS.
http://super.nova.org/DPR/Canon/Links.html/http://photonotes.org/articles/eos-flash/index.html